Año 1886, día 8 de septiembre. Eran las cuatro de la tarde cuando don Ciriaco María llegaba a la estación del Norte para tomar posesión de la diócesis madrileña. Desde allí se dirigió a la parroquia de Santa María de la Almudena –todavía en obras, años atrás él había inspirado su construcción– para dar inicio a una procesión que habría de concluir en la catedral de San Isidro. Pocos meses antes, allí mismo caía abatido por unos disparos su predecesor, don Narciso Martínez Izquierdo. El pueblo seguía conmocionado por tal acción.
Don Ciriaco María conocía perfectamente la realidad madrileña. Había un clero muy complicado; procedente de lugares muy dispares, se encontraba dividido. Había que organizar todo desde los cimientos, pues el difunto prelado había tenido muy poco tiempo para ponerla en marcha. Se trataba del seminario, de la nueva catedral, de la organización parroquial, de los barrios periféricos poblados por gente pobre de aluvión... Cabe añadir la división de los católicos, que tenía en Madrid uno de los puntos de mayor contienda.
Sensible a la preocupación eclesial y social de León XIII, se situó en primera línea entre los obispos por su visión de la realidad española. En la primavera de 1889 organizaba en Madrid el primer Congreso Católico Nacional; primero de una serie de seis que se celebrarían en distintas capitales españolas con el fin de propiciar la unidad de los católicos. Al hilo de los Congresos nacía el movimiento católico español, los laicos comenzaban a organizarse para hacer frente a los retos del momento.
Otras realizaciones en la capital fueron el impulso dado para la creación del Seminario Conciliar, fomentando el acceso de los pobres a la carrera eclesiástica; la prosecución de las obras de la catedral de la Almudena; la implantación de nuevos institutos religiosos, así como asociaciones de laicos para la propagación de la fe y la caridad. El número de parroquias que se encontró a su llegada a la capital fue de veinte; treinta dejó en tan sólo seis años. Y todo esto sin descuidar la visita pastoral por toda la diócesis, que inició al poco tiempo de ingresar en ella. Su labor en los barrios periféricos de la ciudad, marginales y con graves carencias de todo tipo, fue ingente. A todos encandilaba con su sencillez, cercanía y bondad. Muchos inmigrantes encontraron en él al padre que habían abandonado en sus lugares de origen.
