Uno de esos nombramientos afectó a Santiago de Cuba, para cuya sede fue nombrado Pedro Llorente y Miguel, sacerdote de dudosa conducta a quien
Esta actitud de resistencia llevó a la cárcel tanto a don José Orberá como al canónigo penitenciario, precisamente por la actividad que ambos desplegaron contra la usurpación de un candidato intruso. Se le acusó de proselitismo y fue expulsado de la cárcel. Pero al cabo de casi mes y medio los dos fueron de nuevo encarcelados, esta vez en el seminario y en celdas separadas. Más tarde fueron trasladados a la cárcel pública y desde allí al castillo del Morro, donde permanecieron casi tres meses aislados en un peñón y en medio del mar.
Transcurridos tres meses de prisión en aquella fortaleza, regresaron de nuevo a la cárcel pública. Tuvieron la habilidad de burlar más de una vez la vigilancia y comunicarse con sus fieles. Había que mantenerlos firmes y unidos a la única obediencia legítima : Roma.
Por fin, el 1 de abril de 1874 fueron liberados. Estos momentos de encerramiento forzoso fueron de los más fecundos de su vida espiritual. La cárcel le afianzó en esa gran libertad de espíritu que tienen los hombres de Dios. Se estaba forjando uno de los grandes baluartes con que contaría