En el país no existía libertad política, civil, ni mucho menos religiosa. La Iglesia cubana carecía de Obispos propios y el clero nativo estaba dividido, al igual que el país. El gobierno liberal de Madrid había suprimido las comunidades religiosas en Cuba desde 1841, confiscando sus bienes e iniciando así una persecución, destrucción y despojo de ellos. La Iglesia dejó de ser una institución básica del régimen colonial, lo que provocó una situación desastrosa del culto y el clero.En el año 1852 el gobierno español expidió una Cédula Real sobre la dotación y arreglo de culto y clero y el reingreso de órdenes religiosas.
Llegaron los tres a Santiago el 8 de junio de l862. Pasados los primeros días, el nuevo arzobispo nombra a Sancha director espiritual de la conferencia de San Vicente de Paúl y, unos meses más tarde, confesor ordinario de las Hijas de la Caridad de la Real Casa de Beneficencia.
El P. Sancha se encuentra con una Cuba sumida en la miseria. La escasez de los medios de comunicación hacían mas caótica la situación, lo que hacía difícil la pastoral, y el clero tenía que pasar por toda clase de pruebas, compartiendo así con el pueblo el vía crucis de pobreza y opresión que atravesaba.
En la Positio para la beatificación y canonización leemos : “El padre Sancha conocía la pobreza: nació en una casa pobre, su padres eran humildes labradores, el ambiente hogareño en que se crió padecía estrecheces y la experimentó también en el seminario realizando, por falta de medios, la carrera breve (que luego prolongó). Como sacerdote y penitenciario contactó directamente con los sufrimientos, penas y privaciones que sufren los pobres. Es tal la miseria, que se reparten cada día más de mil raciones de sopa entre los pobres de las parroquias -afirma en una carta el vicario capitular de Santiago-. No pagan sueldos; todo está parado. No hay entradas en las aduanas, ni quien preste una peseta. No sé adonde iremos a parar”
En la Positio para la beatificación y canonización leemos : “El padre Sancha conocía la pobreza: nació en una casa pobre, su padres eran humildes labradores, el ambiente hogareño en que se crió padecía estrecheces y la experimentó también en el seminario realizando, por falta de medios, la carrera breve (que luego prolongó). Como sacerdote y penitenciario contactó directamente con los sufrimientos, penas y privaciones que sufren los pobres. Es tal la miseria, que se reparten cada día más de mil raciones de sopa entre los pobres de las parroquias -afirma en una carta el vicario capitular de Santiago-. No pagan sueldos; todo está parado. No hay entradas en las aduanas, ni quien preste una peseta. No sé adonde iremos a parar”
Animado por el arzobispo, Sancha estudió inglés, desplazándose en varias ocasiones a Estados Unidos. Para la visita "ad límina", el arzobispo eligió como acompañante a su secretario y fiel amigo, quien en dicho viaje le prestó muy valiosos servicios, especialmente en las respuestas a lo cuestionarios de la Santa Sede.
Vueltos a Madrid, el arzobispo se sintió enfermo de tal manera, que, previo el necesario permiso de Roma, se vio obligado a permanecer en la capital de España. Murió en Madrid, tras larga y penosa enfermedad, el 28 de septiembre de l868. Sancha, muy a pesar suyo, dejando a su arzobispo enfermo, regresó a Santiago, donde había quedado, como gobernador eclesiástico de la archidiócesis sede plena, el provisor, José Orberá y Carrión.
Previa autorización del arzobispo enfermo, el gobernador eclesiástico nombra a Sacha catedrático de Teología Moral del seminario conciliar. En agosto de l868, firma, como secretario, una carta pastoral del gobernador eclesiástico sobre la masonería, condenando y reprobando "todo lo que los romanos pontífices han condenado y reprobado referente a las sociedades secretas y logias masónicas".
La muerte del arzobispo Primo Calvo Lope en Madrid coincidió con la revolución de septiembre, llamada "La Gloriosa", que culminó con el derrocamiento y exilio de la reina Isabel II. Era el triunfo de la masonería en la Península, que no tardaría en hacer sentir sus efectos en Cuba.
Conocido en la isla el fallecimiento del arzobispo, se reunió el cabildo de la catedral para elegir, según lo previsto en la ley canónica, vicario capitular, siendo designado por unanimidad el propio gobernador eclesiástico, Orberá Carrión. Confirma a Sancha en su cargo de secretario del arzobispado y en todos los demás oficios. Fue nombrado medio racionero el 30 de junio de 1868 por la reina Isabel II de España. El cargo era similar al de beneficiado, y ese mismo año al quedar vacante el cargo de Penitenciario se presentó a la oposición. Su singular talento le llevó a ocupar la canongía con el oficio de Penitenciario. Este nuevo cargo le ayudó para dirigir almas a través del confesionario y el conocimiento y guía de las almas de las jóvenes que le ayudarían en la fundación con la cual soñaba.
Era una época de fuertes luchas contra el colonialismo español. Cubanos y españoles forman parte de un proceso único iniciado con el "Grito de Yara" que dio origen a la “Guerra de los Diez Años” (1868-1678), primera expresión pública separatista contra España, que terminó con la independencia de Cuba.
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